公司法人不配合股東注銷公司的處理如下:

1.與法人協商，以股權轉讓替代注銷

法人不愿配合注銷可能是想繼續經營公司，可以在符合法律規定和內部管理制度的情況下，將擬注銷企業的股權轉讓給法定代表人。這樣可免去后續的清算注銷程序，省時省力。

2.以債權人的身份申請破產

破產是公司注銷的主要條件之一，如果法人不配合，可以以債權人身份向法院提起破產申請，進而進入破產清算程序，清算完畢后則辦理注銷。

3.與行政管理部門溝通解決

解鈴還須系鈴人。既然目的是為了辦理注銷的工商變更登記，則可以嘗試與行政管理部門進行溝通，在符合基本原則的基礎上，就辦理具體流程所遇到的實際困難尋求幫助。

4.股會決議解散

召開股東大會，由三分之二的股東表決通過即可，這里的三分之二不是人數，而是占股比例。

5.強制注銷

辦理強制注銷手續，不管法人不配合也好、聯系不到也好，都可以強制注銷。