海淀區疑難處理食品經營許可證申請材料主要包括以下幾類：

食品經營許可申請書。這是由食品藥品監督管理局提供的標準文本，需按照要求填寫相關信息。

營業執照或其他主體資格證明文件復印件。這些證明文件用于確認申請人的主體資格和合法經營權。

與食品經營相適應的主要設備設施布局、操作流程等文件。這些文件用以證明申請人具有符合要求的經營設備和設施，并了解食品經營的操作流程。

食品質量安全管理情況的材料。這是一份由申請人根據自身經營情況填寫的材料，包括食品安全管理制度、食品安全責任制和相關崗位的操作流程等內容。

食品安全管理人員培訓證明資料。這些資料用于證明申請人已經接受過食品安全培訓，并具備相應的食品安全知識和管理能力。

食品藥品監督管理局要求的其他資料。這些資料可能包括經營場所的產權證明或租賃合同、食品安全培訓計劃、食品安全應急預案等。

需要注意的是，不同地區對于疑難處理食品經營許可證申請材料的具體要求可能有所不同，具體應以當地食品藥品監督管理局的要求為準。在準備所有必要資料之前，建議先咨詢食品藥品監督管理局或相關機構，以確保準確和全面。