貨物出口時，憑保稅倉庫簽發的提貨單、配艙回單、白卡和相關資料到保稅區海關辦理出口報關手續（整箱需提供箱號），保稅區海關受理后會制作關封，并將相關信息輸入保稅區電腦系統。
2.保稅倉庫在收到海關出區確認信息后，即可打印保稅貨物出區憑單。貨物出保稅區卡口時，憑出區憑單辦理加封手續，并仍需海關許可的車輛運輸。
3.貨物運抵口岸，口岸海關憑保稅區海關關封辦理驗放手續，并在配艙回單上加蓋放行章，口岸加蓋放行章的配艙回單辦理貨物裝運出口。
進口出區：
1.保稅貨物如在國內銷售，憑保稅倉庫簽發的提貨單及區外經營單位的報關資料辦理進口清關。保稅區海關根據貿易方式的不同，按免稅、征稅的不同方式辦理清關。保稅區海關放行后，保稅倉庫在收到海關確認信息后打印出區憑單，作為貨物出區憑證。
2.貨物出區時，在保稅區卡口辦理驗貨手續后即可出區。

2.保稅倉庫在收到海關出區確認信息后，即可打印保稅貨物出區憑單。貨物出保稅區卡口時，憑出區憑單辦理加封手續，并仍需海關許可的車輛運輸。
3.貨物運抵口岸，口岸海關憑保稅區海關關封辦理驗放手續，并在配艙回單上加蓋放行章，口岸加蓋放行章的配艙回單辦理貨物裝運出口。