祠內居中所供奉的神是藥王，而藥王的來歷有許多種說法，相傳我們晉祠三圣祠內所奉祀的藥王是神農氏。晉祠百姓多以神農嘗百草、知藥性、正藥名為依據且神農被推薦為農業祖師。傳說太原有神農嘗藥之鼎，也許正是因為這一典故而建此廟。每年農歷四月二十八日為藥王誕辰日，舊時晉祠鄉里的郎中、行醫者必在此日前來祭祀藥王。